פסוק א:זה הנביא התנבא על ירבעם בן יואש. וכן כתיב הוא: אשר דבר ה' ביד עבדו יונה בן אמתי אשר מגת החפר. יש לתמוה איך יעלה על לב חכם שידע השם ומעשיו, שיחשוב לברוח מפניו והוא בידו והכל מלא כבודו, ואיך יתנבא מורה פי השם והוא כתוב כי הוא הנביא?! והגאון אמר: כי הלך אל נינוה וקרא עליה, ולא הזכיר זה הכתוב, כמו: קראן לו ויאכל לחם. ואני אומר: כי אין זה כמו זה, כי אין טעם להזכיר אם אכל אם לא אכל אם לא קראו לו, רק פגע בו ודבר עמו. ועוד: אם יונה מלא דבר השם למה היה בורח, והוא אמר: על קדמתי לברוח תרשישה?! ועתה הנה ראינו שלא היה משה רוצה ללכת בשליחות השם, להוציא עמו ואף כי יונה שילך להשיב אל נינוה. וככה אמרו חכמינו: שתבע כבוד הבן. ועתה ארמוז לך סוד: יש עושה חרוזים בתולדתו בלי למוד, ויש שהוא צריך לימוד, וכאשר יקבל ככה יוכל שלא לקבל, ונקל הוא האחרון מן הראשון וכל הנביאים לבד ממשה, אחר עבור כבוד השם על פניו נבואתם כולם במראות הם, גם בחלום על כן אמרתי על אברהם אבינו בנבואה, על נסיון האלהים ולקח המאכלת, ואזנו נוטה לשמוע מהרה וכאשר חיפשתי בכל המקרא לא מצאתי מלת בריחה, רק דביקה.
פסוק א:על מלת פני – כמו: ומפניך אברח, ויברח יפתח מפני אחיו. והנה לא מצאתי בנבואה, יונה שברח מפני השם רק מלפני השם. וכתוב: חי ה' אשר עמדתי לפניו. והנה כל זמן שהוא מקבל, הוא מלפני לפני השם, וככה: ויצא קין מלפני ה' על כן אחריו: ומפניך אני אסתר כי פני האדמה לפני ה'. ועוד כתוב: לבוא בנקרת הצורים ובנקיקי הסלעים, מפני פחד ה', וכתב: לבוא עמהם תרשישה מלפני ה', והמשכילים יבינו.
פסוק ב:קום, נינוה - בית מלכות אשור והיא היום חריבה. וחכמי ישראל בארץ יון אומרים: כי היא הנקראת אורטי"ה ואנכי לא ידעתי, ועתה לא ציוהו שיאמר: עוד ארבעים יום, רק כי עלתה רעתם לפני. והמפרש: כי פחד שיקרא נביא שקר בהנחם השם מהרעה לא דבר נכונה, כי זאת הטעם לא אמר לו רק בפעם השנית, כי שם כתוב: את הקריאה אשר אני דובר אליך והוא עוד מ' יום. ועוד: איך ימרה הנביא פי השם בעבור פחדו שיקראוהו אנשי נינוה נביא השקר, ומה יזיקהו זה, כי לא ידור עמהם?! ועוד: כי אנשי נינוה לא היו טפשים, כי למה שלח ה' נבואה עליהם רק שישובו אל השם, ואם לא ישובו תתקיים הגזירה עליהם ולולי שידעו זה האמת, שאם ישובו אל השם ינחם על הרעה והנה איך יקראוהו נביא השקר?! והנכון מה שאמרו קדמונינו ז"ל: כי חרה לו שימלטו בעבור ישראל. והנה מצאנו כתוב: היתה עיר גדולה לאלהים שהיו יראים השם מקדם. והמפרש: כי היתה עיר גדולה ויקרה בעיני השם להשחיתה, אין זה דרך הלשון, כי כתוב: תגדל נפשי בעיני השם ולא לשם, והנה כתוב לאלהים, וכתיב: כל הגוים כאין נגדו, ולא יחוש אם הם רבים, ופירוש לאלהים, כי היו יראים השם הימים הקדמונים, רק עתה בימי יונה החלו לעשות רע, ולולי זה שהיו בתחילה אנשי השם לא היה שולח נביאו אליהם. והנה ראינו ששב תשובה גמורה אין כמוה ולא תמצא כתוב ששברו מזבחות בעלים, או גדעו פסילים והנה מזה נלמוד שלא היו עכו"ם.
פסוק ג:ויקם, וירד יפו - אמר הגאון: כי תרשישה תרסוס. ורבי מבשר אומר: שהוא עיר תונ"ס באפריקי.
פסוק ג:ויתן שכרה - לא כל שכרה רק מה שהוא חייב ליתן בחלקו.
פסוק ד:וה' הטיל - השליך דרך משל, והטעם שהשליכו מהיבשה, על כן לא יכלו להשיב אל היבשה כי לא היה זה רק במקום התחברות הים עם הנהר, והוא סמוך אל היבשה, כי לעולם הוא קשה על הספינות. והעד שככה היה, שאמר: ותשליכני מצולה בלב ימים נהר יסובבני.
פסוק ד:והאניה חשבה - כמו: ארץ כי תחטא לי.
פסוק ה:ויראו המלחים - יועצי הספינה, כמו: מלחיך וחובליך. ויפת אמר: כי מלח היו מוליכים.
פסוק ה:אל ירכתי הספינה - אל אחת ירכתי הספינה, כמו: ויקבר בערי גלעד.
פסוק ה:וישכב וירדם - מצער הים ומזעפו, אולי לא נכנס קודם זה בספינה.
פסוק ו:ויקרב רב החובל - הגדול, שהיו חובלים הוא מרימי החבלים חבלי התורן. ורבי משה אמר: מגזרת תחבולות.
פסוק ו:יתעשת - כמו: אבדו עשתונותיו וכמוהו: עשתי עשר, בעבור שזה המספר הוא, כמו שנים חשבונות כלל ופרט, וכמוהו: אלהים יחשוב לי.
פסוק ז:ויאמרו - יש אומרים: כי היו שם ספינות אחרות ויוכלו לצאת וזאת לבדה בצרה, על כן אמרו: לכו ונפילה גורלות.
פסוק ז:בשלמי - בעבור מי וכמוהו על השל.
פסוק ח:ויאמרו - המפרש: שבקשו לדעת מאי זה עם הוא, ומאי זה הארץ, שמא נגזר עליהם מהשמים מות, לא דבר נכונה, כי אם גזר השם על עם, אם לא היה בעיר אחד מהם שנגזר עליו, רק במקום אחר עם אחרים, למה יפחדו האחרים, כאילו יתערבו על שגזר עליו לבדו למות. ומנהג רוב האדם לחיות ממלאכתם ומלאכת האדם תורה על דברו, ולמה נכנס ללכת למקום אחד, ויש ארצות שרוב אנשיה טובים וככה היום ידוע.
פסוק ט:ויאמר - השיב להם על האחרון שהוא מבני עבר הנקראים שהם על אמונת עבר הראשון, שהוא אבי כל בני עבר, ואין לו יראה רק מהשם שברח מלפניו, והזכיר השמים והארץ והים, והטעם כי אדע כי הוא עושה ועל הכל ימשול.
פסוק י:וייראו - כנגד שאמר אני ירא. ויאמרו לו: מה זאת והטעם איך עשית זה לברוח מלפני השם, כי הוא גילה סודו להם.
פסוק יא:ויאמרו, מה נעשה - והטעם: תן לנו עצה מה נעשה.
פסוק יא:וישתוק הים - כמו: וישמחו וישתקו.
פסוק יב:ויאמר - מתאוה ומבקש למות ולא תשוב נינוה לשם, ולא היה אומר להם ככה, לולי ששמע מפיהם כי ישליכוהו.
פסוק יג:ויחתרו - פירושו וכבר חתרו.
פסוק יג:ומלת ויחתרו – בעבור שבעלי המשוטות דומים לחותרים.
פסוק יד:ויקראו - האמינו כולם בשם הנכבד ושבו לקרא אליו.
פסוק יד:בנפש - בעבור כמו: ויעבד יעקב ברחל.
פסוק יד:כאשר חפצת - שהתברר להם, כי בעבורו הים סוער.
פסוק טו:וישאו, מזעפו - דרך משל, כמו: זועפים.
פסוק טז:וייראו, ויזבחו - אחרי צאתם.
