יונה רוצה לברוח מארץ ישראל
יונה ידע כי אם יישאר בארץ ישראל עלול הקב"ה להשרות עליו רוח נבואה ואז יקבל הוראה מפורשת למסור לאנשי נינוה נבואה מוגדרת וכאמור (במאמר "האם יונה כובש את נבואתו") לא יוכל להימנע מללכת לנינוה ולמסור שם את נבואתו. לפיכך החליט לעזוב את הארץ דרך הים. יונה ידע כי אם לא התנבא תחילה בארץ ישראל לא תחול עליו הנבואה בחו"ל. כידוע יחזקאל ואסתר היו נביאים בחו"ל אולם תחילה התנבאו בארץ ישראל. יונה לא רצה לברוח לחו"ל דרך היבשה שמא ישרה עליו הקב"ה נבואה טרם יצא מגבולות הארץ. עתה כשהחליט לצאת דרך הים חשב יונה שהקב"ה לא ישרה עליו נבואה משום שיורדי הים מרגישים בימים הראשונים צער מאוויר הים הגורם להם חולשה והרגשה קשה, ועד אשר יתרגל לאוויר הים יתרחק מאד מארץ ישראל. יונה הבין כי הקב"ה לא יסכים איתו בדרכו זו ועלול להביאו לידי סכנה יחד עם אנשי הספינה בה הוא מפליג. לכן חישב יונה את צעדיו ורצה למזער ככל האפשר את הנזקים. יונה החליט לשכור על חשבונו אניה שהגיעה זה עתה מתרשיש יחד עם נוסעים ואנשי צוות מועטים כדי שלא ייפגעו אנשים רבים אם יחליט ה' להטביע את האניה בגללו.
יונה באניה
לאחר שיונה עלה על הספינה, וזו החלה בהפלגתה, החל הים סוער והרוח שנשבה והסעירה את הגלים לא הייתה טבעית. המלחים שהיו למודי ניסיון מהפלגות קודמות ולא נתקלו בעוצמת סערה שכזאת, הבינו כי מתרחשת לנגד עיניהם תופעה חסרת הסבר וקבעו כי יש רצון מהקב"ה להודיע דברים חשובים לנוסעי הספינה באמצעות הסערה המשונה והחזקה. תמיהתם של המלחים גדלה והלכה כאשר ראו אניות אחרות השטות בקרבתם מפליגות בשלום ללא טלטולים ורק ספינתם היא אשר נאבקת עם הגלים הסוערים. תחילה חשבו המלחים כי יוכלו להגיע בשלום אל החוף כאשר ינקטו בדרכים טבעיות המשתמשים בהן בשעת סערה ולכן השליכו את מטען הנוסעים המימה, כדי להקל על משקל האניה ולהביא להצפתה. אולם כל האמצעים שנקטו לא הועילו במאומה והסכנה על האניה ואנשיה לא רק שלא חלפה אלא החמירה משעה לשעה.
יונה בספינה
יונה ירד אל ירכתי הספינה ונרדם. התנהגותו של יונה בשעה כה קשה מוכיחה לכל עד כמה גדול בטחונו של האיש בקב"ה וכיצד ממשיך לפעול בישוב הדעת גמור ולשקול כל דבר לגופו. יונה החליט לישון בירכתי הספינה ולא על הסיפון. חששו של יונה היה שמא הקב"ה לא יטביע אותו בים, אלא הגלים יטלטלוהו ממקום למקום עד שיגיע לאחד החופים ושם יקבל נבואה ללכת לנינוה וזה יונה לא רצה. אפשר גם שיפול לים על ידי אחד הגלים שיסחפוהו מסיפון הספינה ואז אשתו תהיה אסורה, כי הטובע במים שאין להם סוף אשתו אסורה והיא יכולה להשאר עגונה כל ימיה. כדי למנוע תופעות כאלה החליט יונה לרדת לירכתים ושם לישון. כאמור ידע יונה שבגללו הים סוער ואם ימות ישקוט הים מזעפו, לכן אם ישכב בירכתים גלי הים ישטפו את המקום כי הם נכנסים לספינה ולא יוצאים מן המקומות הנמוכים ואז יונה ימות בספינה ובכך השיג שלוש מטרות: הוא לא ילך לנינוה (החשש העיקרי); יוכלו להעיד שמת ואשתו תהיה מותרת להנשא; נמנע מות אנשים חפים מפשע כי הים ישקוט מזעפו וחיי המלחים לא יהיו עוד בסכנה. המדייק בלשון הפסוקים יראה כי כל הפסוקים מספרים על האניה הנאבקת בגלים ולא על ספינה (אגב במקרא מוצאים את הביטוי אניה ובדברי חז"ל ספינה) הנאבקת במים הגועשים ואילו הכתוב מספר שיונה ירד אל ירכתי הספינה ולא ירכתי האניה. והטעם לכך שיונה רצה להכנס לחלק האניה הספון בתוך מי הים כדי להשיג אותן מטרות שהזכרנו.
מה לך נרדם
המלחים שצעקו אל אלוהיהם ראו שיונה לא משתתף בתפילה ואינו מתפלל אל א-להיו, לכן רב החובל העירו משנתו ושאל אותו: "מה לך נרדם...". המצב הלך והחמיר והנוסעים החליטו להטיל גורלות ולראות מי האשם במצב הקשה בו הם נתונים. למרבה הפלא תמיד נפל הגורל על יונה ואז החליט רב החובל לבדוק ולחקור מי האיש ומה מעשיו כדי להבין מה פשר הסערה המוזרה אליה נקלעו רב החובל והנוסעים באניתו.
הגידה נא לנו
לאחר שהגורל נפל תמיד על יונה, שאלו אותו מהו החטא שחטא שבעטיו באה הסערה הקשה הזאת. אולם ייתכן ויונה איננו האיש הגורם לסערה זאת, אם כן עליו להצביע על הגורם לאנייתם להאבק במשברי הים האדירים. לפיכך נאמר בפסוק: "הגידה נא לנו באשר למי הרעה הזאת לנו"(יונה א ח).
מה מלאכתך ומאין תבוא
המלבי"ם מסביר ששאלותיהם של אנשי הספינה נבעו מאמונתם האלילית כאילו האליל הממונה על הים הוא אשר זועף על יונה ואינו מאפשר להם להפליג בבטחה. לכן שאלוהו "מה מלאכתך" כלומר שמא שר הים האלילי איננו מעונין שיפליגו בו אנשים בעל מקצועות מסוימים ואולי אתה נמנה עליהם. כמו כן אפשר ששונא אנשים המגיעים לים ממדינות אלו או אחרות שאינן נמצאות ביחס תקין עם האליל הימי וכו'.
עברי אנכי
יונה עונה להם תשובה אחת, שהוא עברי וירא את הקב"ה השולט על הים ועל היבשה וממילא אין מקום לשאלותיהם, כי הים לא יוכל "להתנגד" לאדם זה או אחר וקל וחומר לא אליו, המאמין בבורא הים ועובד אותו. דברי יונה הביעו בטחון מלא בה' וציות מוחלט למצוותיו והמלחים הבינו שדבריו מביעים פחד מפני ה' ומחמת כן בורח מלפניו. יונה אמר עוד שהוא נכנע לקב"ה שעשה (ולא כתוב ברא או יוצר) את הים ואת היבשה, הכוונה בראם וגם השלים את יצירתם (כי המילה לעשות פרושה להשלים).
ויראו האנשים
עתה לאחר שהמלחים שמעו את תשובת יונה והבינו כי הים סוער מפני שאיננו רוצה ללכת בשליחות ה' השתנה הפחד שהיה תחילה פחד מפני הסכנה, והפך לפחד מגדולת הבורא ועוצמתו. לפיכך עתה נקראו המלחים בשם אנשים, "ויראו האנשים יראה גדולה"(יונה א י), לשון חשיבות, בעוד שבתחילה נאמר: "ויראו המלחים"(יונה א ה).
מה נעשה לך
המלחים השתאו מאוד כיצד העז יונה להתנהג כפי שהתנהג, הרי מכיר הוא את כח הבורא שאי אפשר לברוח מפניו כי מלא כל הארץ כבודו. המפרשים מסבירים שהמלחים היו מוכנים להשיב את יונה לארץ ישראל, ולדעת הרב דון יצחק אברבנאל כוונתם הייתה להביאו למשפט הקב"ה שישפוט אותו בארץ ממנה ברח ועלה על האניה, אולם לא יכלו לעשות זאת כי הים הלך וסער. לכן שאלו את יונה שיפסוק בעצמו מה לעשות לו כדי שהים ינוח מזעפו. יונה השיב כי הים סוער בגללו, על שאיננו רוצה למלא את שליחות ה' ואף לא לחזור לארץ ישראל פן יקבל נבואה חד משמעית ללכת לנינוה ובוודאי לא יוכל להתחמק ממנה.
יונה העדיף למות מאשר ללכת לנינוה
בשעות קשות אלו חשבו המלחים על השלכתו אל הים ויונה הבין מדבריהם שאכן זוהי כוונתם אך יונה החליט לא לאבד את עצמו לדעת כי זו עברה חמורה. בכל זאת אם הם ישליכוהו לים מוכן הוא למסור נפש למען עם ישראל. זאת מצאנו אצל משה ואצל דוד. משה רבינו אומר לקב"ה אחר החטא העגל, מחני נא מספרך אשר כתבת"(שמות לב לב). דוד המלך התפלל לה' לאחר שפרצה מגפת דבר בישראל ואמר: "הנה אנכי חטאתי ואנכי העוותי ואלה הצאן מה עשו תהא נא ידך בי ובבית אבי"(שמואל ב כד יז). יונה רצה שישליכוהו לים ויחנק במים כדי לכפר על חטאו, גם אם נאמר שכבש נבואתו והרי הנביא הכובש את נבואתו חייב מיתה, וסתם מיתה היא מיתת חנק.
יונה מושלך לים
המלחים ניסו בכל כוחם לחתור לעבר החוף ולהשליך שם את יונה, אך לא יכלו מעצמת הגלים וכן מהחשש שאם יונה נענש בגלל שלא הלך בשליחות ה' הרי המלחים יענשו בעונש חמור מזה על שהם שמעו שיונה בורח והם עוזרים לו לטבוע בים ולא ללכת לנינוה למילוי השליחות.
לאחר כמה וכמה ניסיונות מחליטים המלחים להשליך את יונה לים. המלבי"ם מונה כמה הוכחות וראיות בעטים החליטו המלחים להצדיק את השלכתו לים. המלחים טענו: אם אמנם רוצה ה' שנשיב אותו ליפו, הרי היה הקב"ה מאפשר לספינה לשוב לכיוון יפו ולהורידו ליבשה. אם לא התאפשרה החתירה לעבר היבשה, והים ממשיך לסעור, הרי כל אנשי האניה מצויים בסכנה וכולם עלולים לטבוע ואין מן הצדק לסכן חיי חפים מפשע ולחוס על אדם שהודה כי התחייב מיתה בגלל שברח מן השליחות שהוטלה עליו. אמנם, אם נשליך אותו לים אפשר שנענש בגלל שאנחנו, בני אדם, רוצים לבצע ביונה דין שמים שהדבר אינו בסמכותנו, לפיכך ביקשו בתפלתם לקב"ה שלא יענשו על ידו, "כי אתה ה' כאשר חפצת עשית", והמעשה מיוחס אליך. רק לאחר שהתפללו ואמרו את דבריהם השליכו את יונה לים, אז נח הים מזעפו וכולם ראו בעליל כיצד יונה הוא האשם בסערת הים ועתה יכולה הספינה להמשיך בדרכה ללא שום חשש.
המלחים גומרים אומר להתגייר
כאשר ראו המלחים את הנס הגדול שהתרחש נגד עיניהם החליטו להתגייר ולהקריב זבחים לקב"ה בעלותם אל החוף. בפרקי דרבי אליעזר נאמר שהם נדרו לגייר את נשותיהם ובני ביתם לאחר שראו את קרבתו הגדולה של יונה לקב"ה, את מסירותו למען עם ישראל ואת דקדוק הדין עמו מצד הקב"ה.
באדיבות הרב, מתוך ספרו 'אמרי ח"ן – יונה'