פסוק ג:... ובשיקוציהם נפשם חפצה גם אני אבחר בתעלוליהם. והדברים "ויאמר ה' לא ידון" נשלחו על ידי נביא, כי קביעת ארכה לפורענות צריך שידעו אותה כדי שיהיה עליהם אימה ופחד, אם לא ישובו יתקיים בהם האיום. ותרגמתי "לא ידון": לא ינג'מדא – לא יהיה בתער, כי תער החרב קרוי נדן, ככתוב: ויאמר ה' למלאך וישב חרבו אל נדנה, ומזה אמר דניאל: אתכרית רוחי אנה דניאל בגו נדנה, רצונו לאמר: רוחו שוממה בקרב גופו, שהוא כנדן שלו. ואותיות אלה כשהן מתקבצות, (בצורה) דון או דין, גם אחר כך יש להן שש הוראות: להטות מדין דלים, – משפט, מדין וסככה: עיר, יושבי על מדין – שיירות, לא ידון לא יהיה בה נדן, ידון המרנתי, שם אדם, ויהי כל העם נדון – ריב קל ביניהם. ותרגמתי "בשגם" איצ'א, על פי מובן כללי, כי שורש המלה גם בהתחבר אליה שין תהיה שגם, כנאמר: שגם זה הוא רעיון רוח, ובהתחבר אל שתיהם בי"ת – בשגם. והרי זה כמו "כבר", "שכבר", "בשכבר הימים הבאים". וכוונת המאמר כולו לא יעמוד רוחם בחיי העולם הזה אבל יחייה אותם בעולם הבא לעונש או לשכר, וכמו שהקדמנו לפרש שאין בני אדם כלים לגמרי (מן העולם).
פסוק ג:והיו ימיו מאה ועשרים שנה, אין הכוונה בזה שיעשה את מידת חיי אנוש מאה ועשרים שנה, לא מהזמן ההוא, שהרי שם ארפכשד ובניהם חיו יותר מזה, ולא מזמן משה, כי יהוידע הכהן חי יותר מזה, ככתוב: ויזקן יהוידע וישבע ימים וימת בן מאה ושלשים שנה במותו, אלא רצונו לאמר: אתן לאנשים האלה ארכה של מאה ועשרים שנה. והמאמר "ויהי כי החל" קודם ל"ויהי נח בן חמש מאות שנה", בעשרים שנה. אבל כתב, ויהי נח בן ת"ק שנה קודם כדי לסדר את תולדותיו דבר אחר דבר. וכמו שביארנו שיש במקרא הרבה מוקדם ומאוחר, בתאריכים הכתובים קודם. ואתה יודע שבראשית ספר וידבר כתוב: באחד לחודש השני, ובאמצעו: בחדש הראשון. והרבה כדומה לזה. וישעיהו אמר לאחז: ובעוד ששים וחמש שנה יחת אפרים מעם, וזה היה אחרי כ"ב שנה. מה שמוכיח שראשית התאריך ההוא בארבעים ושלוש שנה לפני העת ההיא. וכן אמר דניאל שבעים שבעים נחתך על עמך והם ת"צ שנה, ראשיתה מהחורבן הראשון ואחריתה מהחורבן השני. הרי שהתאריך ההוא (התחיל) חמישים ושלוש שנה קודם שנאמר לדניאל. וקישוטי לשון כאלה הרבה במקרא. תרגמתי "הנפילים" – עלויא – אצילים, כי הוא שם מן השמות ... ולמלת נפל שלוש עשרה הוראות: נפילה על הארץ, ככתוב: ונגדעו קרנות המזבח ונפלו לארץ. ירידה מן המדרגה, ככתוב: נפל נפלה בבל. דרישת שבועת (אמונים) – ואת הנופלים אשר נפלו עליו. עריכת קרב – ככתוב ביהושע: ויפלו בהם. בושה וכלימה – ככתוב: וייחר לקין מאוד ויפלו פניו. תבוסה – ויפלו מאוד בעיניהם. התרפות אחד מן האיברים – ונפלה ירכה. מורך לב ורפיון – אל יפול לב אדם עליו. הפרת עצה – יפלו ממועצותיהם. שכינה ועמידה – על פני כל אחיו נפל. השגת ההתבצרות וחוזק הגוף – חבלים נפלו לנו וכדומה. הפלת האשה – טוב ממנו הנפל.
פסוק ד:וגם אחרי כן, רצונו לאמר, גם כעבור זמן האות של מאה ועשרים שנה, המשיכו בחטאיהם, והתמידו בעוונותיהם, אשר היותר נפוץ והרע שביניהם היה: "אשר יבאו בני האלהים אל בנות האדם. והסוברים ש"המה הגבורים" הם אותם שבאו מזרע הנפילים ושמכאן ראיה שהם מלאכים, אין הדבר כדעתם. ולא אמר הנפילים היו בארץ אלא בגלל שהאריכו ימים הרבה. כי ידוע שמידת חייו של כל חי תלוי במידת הכח הנישא בו, והיות ואריכות ימיהם (של הדורות הראשונים) היתה פי עשר מאריכות ימינו, מתחייב שכוחם היה פי עשר מכחנו בקירוב. ולפיכך אמר בהם: המה הגבורים אנשי ה'. וכל מה שאמר בשלושת הפסוקים האחרונים מקיים שבני האלהים הם אנשים, לא דבר אחר. כי החכמה מחייבת שהדומים בחטא יהיו (דומים) בגנות ובאיום ובאזהרה ובעונש. והנה ראינו שבארבעתם הזכיר הכתוב אנשים בלבד, ולא חיבר עליהם את מישהו זולתם. וכך אנו יודעים שבני אלוהים ובנות האדם – כולם אנשים. בענין הגנות אמר: וירא ייי כי רבה רעת האדם, ולא אמר: ורעת בני אלוהים. ובאיום אמר: וינחם ייי כי עשה את האדם בארץ, ולא אמר: ואת בני האלוהים. ובאזהרה אמר: אמחה את האדם אשר בראתי, ולא אמר: ואת בני האלוהים מן השמים. ובעונש אמר: וימח את כל היקום, ולא היה שם דבר אחר, שהתחייב להיאבד מן העולם ולהיות כמותם.
פסוק ד:רעת האדם, כולל כל דבר רע, אבל הדברים היותר גרועים הם שלושה: עבודה זרה ככתוב: לא שב ירבעם מדרכו הרעה, גילוי עריות, כמו שאמר יוסף: ואיך אעשה הרעה הגדולה הזאת; ושפיכות דמים, כמו שאמר דוד: אם אעשה וגו' לאדוני למשיח ייי לשלח ידי בו. והגרוע שבכולם דעות נפסדות בענייני אלוהות ועבודת אלוהים ככתוב: כל יצר מחשבות לבו רק רע כל היום. וראיה לכך ש"וכל יצר" וכ' נאמר במיוחד בנוגע לדעות בעניני רבונות אלוהים ועבודתו מה שאמר דוד: ועתה שלמה בני דע את אלהי אביך ועבדהו וגו', ונאמר: שמרה זאת לעולם ליצר מחשבות לבב עמך וגו'. רק רע, מורה על רע מוחלט, וכן רק טוב – טוב מוחלט, וכן רק אמת – אמת מוחלטת, וכיוצא בזה.
פסוק ה:תרגמתי "וינחם": תואעד, התרה בהם, כי מלה זו כוללת שבעה ענינים: חרטה, כמשמעה המפורסם ביותר – והעם ניחם לבנימין, איום והתראה – הנה עשיו מתנחם וגו', נחמה – וינחם יצחק אחר אמו, כפרה – וינחם ברב חסדיו, חמום – הנחמים באלים, הסתכלות – ונחמתי על הטובה, ונחמתי על הרע, וזה מלשון ארץ ישראל – אנא חאמי, במקום אנא חזה. והנו"ן באה לתפארת (שהיא רגילה) אצל העבריים המדקדקים בלשונם, כמו שהם מדגישים בלשון התרגום ומקשרים במאמר וקרנונתא מול מחזה אל מחזה. ועל פי הפירוש הזה יש להסב "ויתעצב אל לבו" על האדם, כי מתחילה ועד סוף הכתוב אמור בלשון יחיד. והוסיף: "כי עשה את האדם" ו"כי נחמתי כי עשתיו", כמו שקבענו (בתרגום). כמו שעשה אותו לא מדבר, כך יש בכוחו לאבדו, כי איבודם אינו יותר קשה מבריאתם, אדרבא, הוא קל יותר. והלוא תראה איך הוא מביא ראיה מעין זה בסיפור על בבל: נשבע ייי צבאות בנפשו כי אם מלאתיך אדם כילק וגו', עשה ארץ בכחו וגו', ונאמר: תתן המון מים בשמים. ויתכן שמילת וינחם משמשת כאן בהוראת חרטה, כמשמעה הידוע, ומילת ויתעצב מוסבת על מעשה הבורא. ואין זה מטיל פגם בכחו, על פי האופן שאבאר. והלא אנו אומרים שאלוהים ירא מפני רע (שיקרה) לאוהביו כדרך מה שאמר: לולא כעס אויב אגור. אין זה שהפחד שולט עליו, אלא הוא מזהיר אותם. כמו כן אנו אומרים שהוא (אלוהים) מתאווה לדבר, בשביל בריותיו, כגון מה שכתוב: מי יתן והיה לבבם זה להם. ואין תשוקה חלה בו אלא התשוקה להם היא. וכן הוא שמח במעשה הצדיקים – אף על פי (שלמעשה) אין אצלו שמחה, וכתוב: ישמח ייי במעשיו. והכוונה הנכונה היא – הוא משבח אותם במעשיהם. וכן ייתכן לאמור בקשר לויתעצב אל לבו, שאין העצב והדאגה חלים בו אלא בכופרים שחטאו ועברו על מצוותיו. וכן (יש לפרש) וינחם ייי – הטיל בהם את החרטה, בהכרח, באופן שטוב היה להם לולא היו בארץ, ולולא ברא אותם ייי. וזהו פירוש סוף הפסוק, "כי עשה את האדם בארץ". הלוא תראה כשכאב בא על אדם הוא מבקש את נפשו למות כגון המחכים למוות וגו' ואמרו להרים כסונו וגומר. יותר מזה, הוא מבקש שלא היה נברא כלל, ככתוב: כאשר לא הייתי אהיה, וכדומה לזה.
פסוק ז:ובענין "וימחה ה' את האדם אשר" ... וגו' יש שואלים ואומרים: אם האדם חטא בהמה ועופות מה חטאו? ומוסיפים לשאול, וגם מקדימים (את השאלה הזאת): ותנוקות מה חטאו? ויש אנשים שעלתה על לבם הסברה הרחוקה שלפני המבול לא ברא אלוהים יתעלה תינוקות. וזאת היא טענה שאין לקיימה אלא במופת מוכיח שאנשים במספר רב יבואו על נשותיהם במשך שנים רבות ולא יעברו אותן. מופת זה הוא יותר גדול ממופתים רבים אחרים, ואין להאמין בקיומו אלא בראיה ברורה. נוסף לזה, הרי אי אפשר לטעון שהבהמות לא נבראו, כי כתוב במקרא (שכן נבראו). אבל נאמר ובאלהים ניעזר: ידענו שאפשר, על פי השכל, שיביא ה' יסורים על איש או על אנשים רבים, בלי עוון מצידם, כדי להגיעם על ידי כך לאושר ונעימות, וכל מי שאנו רואים אותו מתייסר ביסורים או מת בלא חטא ידענו בוודאות שאלוהים יגמלהו טובה על כך בעולם הבא. ודבר זה קורה לפי רצונו של הבורא, הוא מזמין לגמול כזה את מי שהוא רוצה, ולא מזמין עליו את מי שאינו רוצה. ואחת הסבות שראינו בנתינת גמול זה היא, שאם הגדולים מתחייבים מיתה על עוונותיהם, אז (אלוהים) ממית אף את הקטנים והבהמות עמם, ומפצה אותם בגמול רב או מעט ויש שהוא מוסיף עליהם גם את הצמחים, אף על פי שלגבי דידם אין גמול. אבל הוא (משחיתם) כדי להטיל פחד בלב מי שישמע על הקורות אותם ועל חורבן הארץ – מאנשים ובהמות עד צמחים. והפחד הוא שיכשיר אותם לעבודת אלוהים. וכך הוא דן את אלה (האנשים) על פי הדין, לשם עונש, ואת אלה (התינוקות והבהמות והצמחים) לשם מוסר לאנשים השונים. וכמו שאמר כאן מאדם ועד בהמה ועד רמש, אמר שם: כי הנה אפי וחמתי ניתכת אל המקום הזה על האדם והבהמה ועל עץ השדה ופרי האדמה. ובמקום אחר אמר: יגיד עליו רעו מקנה אף על עולה. הזכיר קודם את החרב, ויצו עליו במפגיע, וזה מענין ההריגה (בחרב) ככתוב: פגע בו ויכהו וימת. והוסיף עליו את רעיו, ככתוב, רעו ורעי החרב הם רע וחיה רעה ודבר. וב"מקנה אף על (עולה)" נתכוון לבהמתם. ועל צמיחתם אמר: אף על מקנה אף על עולה.
פסוק ז:ונח מצא חן, כלומר, לפי זכויותיו, לא יותר מזה, וכעין מה שכתוב: חן וכבוד יתן ייי לא ימנע טוב להולכים בתמים. ונאמר: שכל טוב יתן חן. והמשמעות האמיתית של מציאת חן היא סיפוק הצרכים בשלמות, ככתוב: ויאמר ייי אל משה גם את הדבר הזה אשר דברת אעשה כי מצאת חן בעיני ואדעך.
פסוק טז:נח
המאמר תחתיים [שניים ושלישים] תעשה אינו מחייב שהיו רק שלוש קומות. מפני שאם נעלה על דעתנו שהיו שלוש קומות ולא יותר ... יהיה הגובה של כל קומה עשר אמות עבריות שהן ט"ו זרועות של אדם בינוני, ואין לבעלי החיים הקטנים צורך (בגובה כזה) ואין זה אלא בזבוז (מקום). והזכיר רק שניים ושלישים מפני שדרך הכתוב למנות באופן זה כעין מה שנאמר ונעו שתים [שלש] ערים אל עיר אחת לשתות מים וגו'. ונאמר ונשאר בו עוללות כנקף זית שנים שלשה גרגרים, וכן כאן תחתיים, שניים ושלישים הוא ההתחלה של מספר וכולל גם מה שהיה למעלה מזה לפי הצורך.
פסוק יז:ומאמרו "הנני מביא את המבול מים" היא הסרת הלוט מן העונש (הצפוי להם). כי אמר "לא ידון רוחי" ולא פירש איך. ועוד אמר "והנני משחיתם" ולא פירש איך יעשה זאת, וגילה כאן שישחיתם במים. ויתכן לאמור שבחכמה עשה שבחר לדונם במים, כי זהו העונש הכללי הראשון שהתורה מספרת עליו, ורצה אלהים שיהיה במים – היסוד הקרוב ביותר אל הארץ. ואחרי כן הודיעה התורה עונש אנשי המגדל, והוא ברוחות סוערות, ככתוב ויפץ וגו', ואין ויפץ אלא ברוח כמו שאמר ברוח הפיצם לפני אויב, והוא היסוד שלמעלה מן המים. אף הודיעה (התורה) את עונש אנשי סדום שהיה ביסוד שהוא למעלה מן הרוח והוא האש ככתוב וייי המטיר על סדום ועל עמורה וגו'.
פסוק יח:וכשאמר והקימותי את בריתי אתך חייב אותו לקיים גם הוא את הברית עם אלהיו. כי אין אלהים מקיים את הבטחתו אלא למי שמקיים את מה שהבטיח הוא לו כאמור "את ייי האמרת היום וייי האמירך היום". והכוונה האמתית של הדבור הזה היא שציוה אותו ואת אנשיו לעמוד בצדקתם כדי שיקיים את בריתו אתם.
פסוק יח:ויש אומרים שקיבץ את האנשים יחד ואמר: "אתה ובניך אתך", וקיבץ את הנשים יחד: "ואשתך ונשי בניך", כדי לאסור עליהם את התשמיש כל זמן היותם בתבה, וזה מתקבל על הדעת. וסיוע לזה מה שהפך את החיבורים ביציאתם והזכיר את הזוגות יחד – "אתה ואשתך ובניך ונשי בניך".
פסוק יט:ומה שאמר "שנים מכל" אין פרושו שני גופים, כי אמר אחר כך שיקח שבעה מכל מין טהור ושנים מכל מין טמא. ואין כאן סתירה אלא פירוש שנים כאן הוא זוגות, ומספרם יפורט אחרי כן.
פסוק יט:ואמר תחילה תביא אל התבה ואחר כך יבאו אליך, להודיענו שלא הטריח את נח לעלות הרים ולרדת בקעות ולאסוף את כל בעלי החיים, כי אין זה לפי כחו. ועוד, הרי אין ידיעתו מקפת את כל בעלי החיים לסוגיהם ולמיניהם.